SMK Tok Sera dibina pada tahun 1998 di bersebelahan Bukit Pelindung dengan keluasan 10 ekar.
SMK Tok Sera menerima kemasukan pelajar pertama iaitu Kelas Peralihan dan Tingkatan 1 mulai tahun 1999. Jumlah pelajar yang mendaftar sebagai perintis ialah seramai 250 orang. Sekolah ini beroperasi dengan 16 orang tenaga pengajar dan 4 orang kakitangan dengan menumpang di SK Tok Sera keranan ketika itu bangunannya belum siap.
Menjelang tahun 2001, seluruh warga SMK Tok Sera mula menjejakkan kaki di bangunan sekolah sendiri dengan segala prasarana yang cukup lengkap, iaitu 4 buah blok bangunan empat tingkat tersergam indah yang bercirikan reka bentuk moden telah menempatkan pusat pentadbiran dan pembelajaran untuk semua pelajar.
Sehingga kini, SMK Tok Sera telah ditadbir oleh 5 orang pengetua, iaitu :
Pengetua pertama
Tuan Haji Yaacob Bin Ismail (1999-2004)
Pengetua kedua
Hajah Che Jamilal Bt Abdullah (1 Mac 2004-31 Januari 2007)
Pengetua ketiga
Puan Hajah Zainun Bt Che Muda (1 Julai 2007-31 Disember 2010)
Pengetua keempat
Datin Hajah Fauziah Bt Ismail, AAP (24 Januari 2011-8 Julai 2011)
Pengetua kelima
Mohd Yunus Bin Mahil(1 September - Hingga kini)
